انتشارات ققنوس در بهمن‌ماه سال ١٣٥٦ آغاز به کار کرد، اما این آغازِ کار نبود: امیر حسین‌زادگان، مؤسس انتشارات، کارش را در این حوزه از سال ١٣٥٠، در یکی از محلات جنوب‌غربی تهران، مهرآباد جنوبی، و با راه‌اندازی کتابفروشی «امیر»، شروع کرد. کتابفروشی، چهار سال بعد، به بازار بین‌الحرمین تهران منتقل شد. البته، آن وقت دیگر کتابفروشی به انتشارات تبدیل شده بود: انتشارات «امیر».

    بعد از دو سال فعالیت در بازار، در اوایل سال ١٣٥٦ با تغییر نام انتشارات از «امیر» به «ققنوس» و انتشار نخستین کتاب با نام توراندخت و  برنامه‌ریزی برای انتشار دیگر کتاب‌ها که عرضه‌شان در بازار ممکن نبود، مدیر انتشارات تلاش‌هایش را برای انتقال به مرکز بازار نشر و عرضه کتاب ایران، یعنی خیابان شاه‌رضای آن روز و اصطلاحاً «روبروی دانشگاه»، شدت بخشید.
    بعد از تلاش‌ها و پیگیری‌ها، سرانجام با مساعدتِ محمود کاشی‌چی، مدیر انتشارات گوتنبرگ، خرید فروشگاه میسر شد؛ همان فروشگاهی که هنوز هم، در دو طبقه، در بازارچه کتاب قرار دارد و ویترین و مرکز تکفروشی کتاب‌های مجموعه نشر و پخش است. این فروشگاه بیش از سی سال است که محل آمد و رفت علاقه‌مندان و اهالیِ ادبیات و فرهنگ این سر‌زمین بوده است.
    اولین کتاب‌هایی که انتشارات ققنوس منتشر کرد عبارتند از: توراندخت، اثر برتولت برشت و با ترجمه زنده‌یاد رضا کرم‌رضایی؛ منظومهخاک، سروده محمدعلی سپانلو و شازده احتجاب، اثر زنده‌یاد هوشنگ گلشیری. لیست کتاب های انتشارات ققنوس در فروشگاه کتابخون.