مؤسسه مطالعات و تحقیقات بین‌المللی تهران در سال 1379 به همت جمعی از دانش‌پژوهان و کارشناسان مسائل بین‌المللی و منطقه‌ای با اخذ مجوز از وزارت ارشاد اسلامی (به شماره ثبت 12843) تأسیس گردید. انتشارات مؤسسه تهران نیز از اوایل سال 1380 (به شماره ثبت 5/4878) فعالیت خود را آغاز کرد.

مؤسسه تهران به عنوان یک مؤسسه مستقل در کمتر از یک سال فعالیت گسترده توانست جایگاه و منزلت خویش را در میان جامعه تحقیقاتی و علمی ایران پیدا نماید و امروزه یکی از موسسات پیشرو در این زمینه به حساب می آید. از مهمترین ابتکارات مؤسسه مطالعات و تحقیقات بین المللی تهران ایجاد اولین شورای غیردولتی روابط خارجی و راه اندازی اولین کتابخانه دیجیتالی تخصصی در ایران بود.
شورای غیردولتی روابط خارجی با هدف ایجاد نخستین اجتماع ملی از فارغ‌التحصیلان، کارشناسان و اساتید رشته‌های مرتبط با روابط بین‌الملل و علوم سیاسی تشکیل شد. اجرای بخش قابل توجهی از فعالیت‌های پژوهشی مؤسسه تهران همچون «برآورد استراتژیک کشورهای هدف»، «گزارش‌های تحلیلی ـ خبری»، «کتاب گزیده تحولات جهان» و نیز برخی از پژوهش‌های موردی از نخستین فعالیت‌های تعریف شده برای این شورا بود. در ادامه این شورا به یکی از معاونت‌های مؤسسه تهران تبدیل شد که بیش از 80 کارشناس در آن عضویت داشتند. این شورا از 4 بخش تحت عناوین «هیأت عالی علمی»، «مجمع کارشناسان»، «مدیریت نشست‌ها و همایش‌ها» و «فصل‌نامه Iran Review» تشکیل شده بود.
کمک در تهیه طرح‌های تحقیقاتی، اعلام‌نظر در خصوص برنامه‌ها و اهداف مؤسسه، انجام پروژه‌های تحقیقاتی پایه، ارزیابی استراتژیک تحولات و روندها و مشارکت در مدیریت کنفرانس‌ها و سمینارها از وظایف هیأت عالی علمی بود. انجام پروژه‌های تحقیقاتی، کمک به تألیف مقالات و گزارش‌ها، حضور در همایش‌ها و نشست‌های مرتبط با مؤسسه در داخل و خارج کشور و ارائه نظریه و پیشنهاد درخصوص مسائل و تحولات بین‌المللی، منطقه‌ای و مسائل دوجانبه‌ جمهوری اسلامی ایران از وظایف مجمع کارشناسان بود. این مجمع از 10 کمیته تخصصی به شرح زیر تشکیل شده بود:
کمیته تخصصی موضوعات امنیتی و بین‌المللی، شامل گروه‌های تروریسم، مسائل هسته‌ای، سازمان ملل و شورای امنیت، ناتو، اسلام‌گرایی، تسلیحات، امنیت بین‌الملل، نظریه‌ها (امنیتی، استراتژیکی)، ژئوپلیتیک و مطالعات استراتژیک؛ کمیته تخصصی کشورهای همجوار، شامل گروه‌های امارات، عراق، ترکیه، افغانستان، پاکستان و خلیج‌فارس؛ کمیته تخصصی کشورها و منطقه CIS، شامل گروه‌های روسیه، آذربایجان، قفقاز، آسیای مرکزی و خزر؛ کمیته تخصصی خاورمیانه و شمال آفریقا، شامل گروه‌های صلح خاورمیانه، فلسطین، اسرائیل، سوریه، لبنان و کشورهای شمال آفریقا؛ کمیته تخصصی حقوقی، شامل گروه‌های حقوق بشر و حقوق بین‌الملل؛ کمیته تخصصی نهادها و موضوعات بین‌المللی، شامل گروه‌های انرژی، ICT، رسانه‌ها و اقتصاد بین‌الملل (WB، IMF، WTO و غیره)؛ کمیته تخصصی اروپا، شامل گروه‌های انگلیس و اتحادیه اروپا؛ کمیته تخصصی آمریکا، شامل گروه آمریکا؛ کمیته تخصصی امور عمومی، شامل گروه‌های چین، هند و آفریقای سیاه؛ کمیته تخصصی موضوعات فرهنگی و قومیت‌گرایی، شامل گروه‌های مسائل فرهنگی، پان‌ترکیسم، پان‌کردیسم، پان عربیسم و گروه‌های تجزیه‌طلب.
بااین‌حال و پس از چندین سال فعالیت شورای غیردولتی روابط خارجی، مؤسسه تهران تصمیم گرفت از توان کارشناسی این شورا به‌صورت غیرمستقیم و موردی و در جهت انجام پروژه‌ها و برخی نشست‌های مؤسسه استفاده نموده، رکن مذکور را از ارکان اصلی مؤسسه حذف نماید. از آن پس تاکنون مؤسسه تلاش نموده با تکیه بر توان کارشناسی محققان و پژوهشگران مقیم و با یاری و همفکری تعدادی از کارشناسان شورا، پژوهش‌ها و مطالعات مدنظر خود را در حوزه‌های سیاسی، بین‌المللی و امنیتی در چهارچوب مباحث کشورها یا موضوعات بین‌المللی به انجام رسانده، دراختیار بدنه کارشناسی و اجرایی کشور در حوزه‌های مربوطه قرار دهد.