کتاب چالش های فکری و سیاسی وهابیت این کتاب به بررسی ویژگی‌های شاخص جریان‌های بنیادگرا و مبانی نظری آن‌ها پرداخته تا از این طریق نسبت جریان‌های بنیادگرا را با دیگر جریان‌های اسلامی همچون روحانیت سنتی و متفکران دینی متجدد و... تعیین کند و وجوه همسانی و ناهمسانی این جریان را با ایدئولوژی جمهوری اسلامی مقایسه کند. در این راستا تمایز مفهوم بنیادگرایی با مفاهیم مشابه (اسلام‌گرایی، اسلام سیاسی، اصلاح‌گری و...) مشخص شده و شناخت اضلاع گوناگون و پیچیده سیاسی، فرهنگی، امنیتی و نظامی آن شرح داده شده است. این نوشتار، بررسی خاستگاه‌های تاریخی و سیر تطور بنیادگرایی را مورد واکاوی قرار داده و در سیزده فصل خاتمه پیدا کرده است. چالش‌های نظری با جریان‌های روشنفکری و سنتی، زمینه‌های اجتماعی رشد بنیادگرایی و سلفگرایی در عصر مدرن در جهان اسلام، جریان‌شناسی بنیادگرایی در جنبش‌های اسلامی، نسبت بنیادگرایی و زیرساخت‌های فکری انقلاب اسلامی، بازشناسی بنیادگرایی و سلفیه با تأکید بر طالبان و القاعده، از مباحث مهم این کتاب هستند.
