کتاب تاریخ قرآن این کتاب با یک مقدمه و در شش فصل تنظیم شده است و شامل مباحث پدیدهٔ وحی، نزول قرآن،جمع و تألیف قرآن، قاریان و قرائات هفتگانه، رفع شبههٔ تحریف و ترجمهٔ قرآن میباشد. پس از حوزه، دانشگاهها از جمله مراکزی بودند که به تألیفات این محقق ممتاز در مباحث علوم قرآنی علاقه نشان دادند و از معظمله تقاضای تدوین کتابی با نام «تاریخ قرآن» را بهعنوان متن درسی دانشجویان رشتهٔ الهیات شاخهٔ علوم قرآن و حدیث در مقطع کارشناسی نمودند. استاد معرفت در این کتاب که به ارزش4 واحد درسی است، مهمترین مباحث مربوط به تاریخ قرآن و ترجمه را تدوین کردهاند.و در مقدمه ویژگی کتاب را چنین بیان داشتهاند: «ویژگی کتاب حاضر در آن است که راه اقتباس را کنار گذارده و راه تحقیق را پیش گرفته است، سعی بر آن بود که تمامی مباحث آن از پژوهش نوین با استناد بر شواهد و منابع اصیل تاریخی برخوردار باشد.» ایشان پس از توضیح مطالبی که در شش فصل تعقیب کردهاند نوشتهاند: «اینها مسائلی است که در این نوشتار به بررسی آنها پرداختهایم و سعی بر آن بوده است که مطالب با کمال امانت و با اتکا بر دلایل تاریخیِ قابل اعتماد، آنگونه که بوده، عرضه شود و از هر گونه جانبگیری اجتناب شود تا بدینوسیله خدمتی شایسته به جهان علم و دانش تقدیم شود و در درگاه احدیّت مقبول افتد.»