کتاب سودای سکولاریسم : رمزگشایی از زندگی و کارنامه سید محمد خاتمی کتاب سودای سکولاریسم به جریان شناسی سکولاریسم در ایران بر مبنای زندگی و کارنامه «سید محمد خاتمی»‌ به عنوان یکی از رهبران این جریان پرداخته است. آنگونه که در مقدمه کتاب آمده،‌ «سودای سکولاریسم»، مشتمل بر هفت فصل است. در فصل نخست با عنوان «سکولاریسم اسلامی»، مبانی نظری کتاب که در حقیقت عقبه فکری جریان برانداز در ایران است تبیین شده و سپس نگارنده طی نظریه «توحید و شرک در سیاست»، امکان و امتناع سکولاریزه شدن اسلام را از منظر بنیادی ترین اعتقاد اسلامی یعنی توحید،‌ بررسی کرده است. فصل دوم،‌ «فرزند آیت الله»،‌ به بررسی ویژگی های خانوادگی خاتمی، شرایط سیاسی دوران کودکی او،‌ روند تحصیلات،‌چگونگی شکل گیری ایده جدایی دین از سیاست در ذهن خاتمی و نهایتا به نسبت او با انقلاب اسلامی و نقشش در رویدادهای پیش از انقلاب می پردازد. فصل سوم، «از کیهان تا کیان»، با بازگشت خاتمی از آلمان به ایران آغاز می شود. در این فصل خواننده با چگونگی رشد خاتمی در هرم قدرت نظام آشنا می شود. فصل سوم، یک تئوری کلی برای تحلیل منازعات سیاسی در ایران پس از انقلاب به دست می دهد و به روایت این منازعات و نقش خاتمی در آنها نیز می پردازد. در همین فصل است که مخاطبان کتاب،‌ با جریان متبوع خاتمی نیز آشنا و همراه می شود. پایان فصل سوم، آغاز فاصله گرفتن خاتمی و یارانش از مبانی انقلاب اسلامی و تلاش های این طیف برای تئوریزه و عملیاتی کردن «سکولاریسم اسلامی» است. در مطلع فصل چهارم-‌ «آقای رئیس جمهور»- نویسنده به چگونگی کاندیدا شدن خاتمی در انتخابات هفتم ریاست جمهوری و علل پیروزی وی پرداخته و در ادامه، با ذکر مبانی نظری جریان اصلاحات،‌ رویکرد و عملکرد سیاسی خاتمی و دولتش طی سال های 76 تا 84 را مورد بررسی قرار داده است. در پایان فصل، علل ناکامی جریان اصلاحات در سکولاریزاسیون نظام ایران و تضعیف ولایت فقیه موشکافی شده است. «شال سبز» عنوان فصل پنجم است که به‌ روایت تحلیلی اقدامات خاتمی و جریان همسویش پس از پایان دوران حاکمیت اصلاح طلبان بر قوای مجریه و مقننه می پردازد و استناداتی درباره تدارک این طیف برای دست زدن به یک انقلاب رنگی در جریان انتخابات ریاست جمهوری دهم ارائه می کند. در ابتدای بخش مباحثی نظری درباره ماهیت انقلاب رنگی آمده و سپس تلاش های جریان سکولار با محوریت خاتمی برای زمینه سازی انقلاب رنگی مستند شده است. پس از آن، کتاب وارد روایت و تحلیل حوادث پس از انتخابات دهم و فتنه 88 می شود و این فصل با علل ناکامی جریان سکولار و پایان حیات سیاسی خاتمی در کالبد جمهوری اسلامی خاتمه می یابد. مولف در فصل ششم،‌ به حاشیه هایی از زندگی سیاسی خاتمی پرداخته که بعضا با تردیدهایی همراه بوده اما چون استناداتی محکم داشته و یا از سوی خاتمی تکذیب نشده اند،‌ برای اطلاع خوانندگان بدانها پرداخته شده است. هدف فصل هفتم،‌ آسیب شناسی ضعف های موجود در ساختار سیاسی جمهوری اسلامی است که در نتیجه آنها،‌ جریان سکولار و افرادی چون خاتمی ظرفیت و توان بحران سازی و فتنه انگیزی علیه سیستم را پیدا کرده اند و در صورت ادامه وضع موجود، پیدا خواهند کرد. آن ضعف های ساختاری تئوریزه شده اند و نویسنده در پایان، با ذکر خلاءهای سیستمیک مربوطه، ‌متخصصان و دانشجویان علوم سیاسی را به مطالعه علمی و ارائه راهکارهایی برای برطرف کردن آنها دعوت نموده است. جبرائیلی در مقدمه آورده است:‌ «می توان گفت که «سودای سکولاریسم»‌در یک ژانر علمی-عمومی نگاشته شده است. به این معنی که شیوه نگارش و تحلیل مستند علمی در آن رعایت شده اما در عین حال کتاب به یک موضوع عمومی می پردازد. سعی کرده ام از سناریو نویسی اجتناب کرده و درباره رویدادهایی که سندی بر آن ندارم، خیالبافی نکنم؛‌ لذا خواننده این کتاب جملاتی چون «در جلسه ای محرمانه تصمیم گرفته و برنامه ریزی شد» را نخواهد دید و استنادات ما، و مبنای تحلیل هایمان، همه، هرآن چیزی است که برای یک محقق عادی نیز قابل دسترسی است. افزون بر این، خواننده این کتاب نه تنها شاهد سیر حوادث مذکور در آن است،‌بلکه تم و قالب کتاب به شکلی طرح ریزی شده که «خواننده مطلع» می تواند شواهدی فراتر از موارد مذکور در این مجلد برای تحلیل حوادث بیاورد؛ لذا خود تحلیل گر است و تکمیل قطعاتی از پازل، به عهده او گذاشته شده است».