کتاب فراز و فرود اصلاحات در عصر امیرکبیر این کتاب حاصل پژوهشی است که بیش از یک سال در گروه تاریخ و تمدن پژوهشکده فرهنگ و مطالعات اجتماعی درباره مروری بر عملکرد امیرکبیر در ایران صورت گرفته است. در مقدمه این کتاب آمده است: «اصلاحات در ایران معاصر به دو گونه اصلاحات درون حکومتی و اصلاحات برون حکومتی تقسیم شده است. اصلاحات نوع اول در عصر قاجاریه، توسط افرادی چون عباس میرزا به شکل اصلاح طلبانه و رفرمیستی انجام می گرفت. امیرکبیر نیز در این دوره با قبول شالوده نظام سیاسی، تلاش داشت در چارچوب نظام مستقر از ظرفیت های موجود برای ایجاد اصلاحات در راستای سامان دادن به امور و رفع موانع و غلبه بر آن چه عقب ماندگی کشور را به دنبال داشت، عمل نماید. برخلاف جریان درون حکومتی، اصلاحات که بیش تر جنبه سخت افزاری و خصوصاً اقتصادی مالی داشت، اصلاحات برون حکومتی، بیشتر سبقه نرم افزاری و خصوصاً سیاسی داشت.» روش تحقیق در این اثر پژوهشی، تاریخی است، اما تاریخ به مفهوم سنتی، یعنی وقایع نگاری نیست، بلکه این وقایع و اتفاقات با روش تحلیلی بررسی شده اند. فراز و فرود اصلاحات در عصر امیرکبیر از 3 فصل اصلی تشکیل شده است. فصل اول و دوم درباره ساختار حکومت و لزوم تغییرات است و زمینه اقدامات و اصلاحات امیرکبیر در آن آمده است. «ساختار حکومت در دوران قاجار و آغاز روابط با اروپا» عنوان فصل اول کتاب است که در آن عناوینی نظیر نام و نشان قاجار، آغاز روابط با اروپا، درگیری های ایران دوره قاجار با سیاست های استعماری، ساختار دولت، جنگ های ایران و روسیه، صنعت در دوره قاجار مورد بحث و بررسی قرار گرفته است. فصل دوم «لزوم تغییرات اجتماعی» نام دارد که شامل عناوینی نظیر مدرنیسم، لزوم بازسازی تغییرات اجتماعی، آغاز تحولات در ایران، مراحل اندیشه نوسازی در ایران، تجددطلبی و نوگرایی است و به بررسی نحوه تحولات در ایران از دوره عباس میرزا و قائم مقام فراهانی پرداخته است. فصل سوم، در واقع بخش اصلی کتاب فراز و فرود اصلاحات در عصر امیرکبیر است که به اقدامات امیرکبیر در دوره صدارت او، از بعد داخلی و خارجی اختصاص دارد. فصل سوم کتاب با عنوان «صدارت میرزا تقی خان امیرکبیر» شامل عناوینی نظیر: امیرکبیر قبل از صدارت، داوران صدارت وی، امنیت داخلی در دوران صدارت، دوران صدارت وی، امنیت داخلی در دوران صدارت، اصلاحات میرزا تقی خان، سیاست خارجی امیرکبیر، رویکرد وی به مذهب واقعیت های دینی، عزل و قتل امیرکبیر، نظرات برخی مورخان داخلی و خارجی درباره وی است.