کتاب ولایت فقیه این کتاب مجموعه سیزده جلسه درس است که امام خمینی در ایام اقامت در نجف اشرف در فاصله تاریخ 1 ذیفعده 1389ق. تا 2 ذیحجه 1389 ق. (1/11/1348 تا 20/11/1348) ایراد نموده و متن پیاده شده آن در همان ایام به صورتهای مختلف، گاه کامل و زمانی به صورت یک یا چند درس تکثیر و منتشر گردید. متن کامل آن نیز در پاییز 1349ش. و پس از ویرایش و تأیید امام خمینی برای چاپ آماده شد که ابتدا به وسیله برخی از یاران امام خمینی در بیروت به چاپ رسید و به ایران ارسال شد. این کتاب همچنین پیش از پیروزی انقلاب اسلامی در سال 1356 در ایران با عنوان نامه‌ای از امام موسوی کاشف‌الغطا همراه با جهاد اکبر به چاپ رسید. کتاب ولایت فقیه همچون دیگر آثار امام خمینی در دوران رژیم شاه در صدر لیست کتب ممنوعه قرار داشت و چه بسیار بودند کسانی که به جرم چاپ و تکثیر این کتاب و حتی به جرم همراه داشتن و یا مطالعه این اثر به زندان افتاده و زیر شکنجه قرار گرفتند ولی علی‌رغم فشار ساواک و تضییقات رژیم شاه جانبداری از اندیشه حکومت اسلامی که مبانی فقهی آن در کتاب حاضر به وسیله حضرت امام تبیین گردیده بود به سرعت در میان نیروهای مسلمان و انقلابی در حوزه‌های علمیه، دانشگاهها و سایر مراکز گسترش یافت و ایده تشکیل حکومت اسلامی براساس ولایت فقیه به عنوان یکی از اصلی‌ترین آرمانهای نهضت امام خمینی جلوه‌گر شد. فقهای شیعه در باب ولایت فقیه معمولاً به تناسب مورد در ابواب مختلف فقه بعضی به اختصار و برخی با تفصیل بیشتر به آن پرداخته‌اند. در عین حال قطع نظر از اختلاف آرای فقهای شیعه در محدوده اختیارات و شئون ولایت فقیه در زمان غیبت، عموم آنها در اثبات نوعی ولایت برای عالم یا فقیه جامع‌الشرایط اجمالاً اتفاق نظر دارند. براساس منابع موجود مرحوم ملا احمد نراقی از علمای عصر قاجاریه در کتاب عوائدالایام به شکل منسجمی به این موضوع پرداخته و با تمسک به روایات متعدد، به طورکلی ثابت کرده است که در عصر غیبت امام عصر(عج)، فقیه در دو چیز حق ولایت دارد: 1ـ در همه اموری که پیامبر(ص) و ائمه(ع) در آنها صاحب اختیار بوده و ولایت داشته‌اند مگر اینکه مواردی به دلیل شرعی استثنا شود. 2ـ در همه اموری که با دین و دنیای بندگان خدا ارتباط دارد و باید انجام شود. در زمان ما، امام خمینی علاوه بر بحث در این مورد چون سایر فقیهان به تناسب مسائل مختلف، ولایت فقیه را در تصدی امر حکومت با همان معنای جامع و شامل، برای اولین بار با روشنی و تأکید و تصریح، تفصیلاً مورد بررسی قرار داده است و چنان که اشاره شد مبحث ولایت فقیه را یکبار به صورت شفاهی در طی 13 جلسه در نجف اشرف تدریس نموده‌اند که کتاب حاضر، صورت مکتوب و ویرایش شده همان درسهاست و بار دیگر این مبحث را در جلد دوم ـ‌کتاب البیع و نیز پیش از آن در رساله اجتهاد و تقلید تقریباً با همان سبک نوشته‌اند. او با بیان این واقعیت مسلم تاریخی که پیامبر اکرم(ص) خلیفه تعیین کرده است، این سؤال را مطرح می‌کند که آیا تعیین خلیفه برای بیان احکام است؟ بیان احکام که خلیفه نمی‌خواهد. خلیفه برای حکومت است، برای اجرای مقررات و قوانین است. همچنین در این کتاب مواردی را به عنوان دلایل ضرورت تشکیل حکومت اسلامی ذکر می‌کنند که به اختصار عبارتنداز: 1ـ سیره پیامبر(ص) در تشکیل حکومت؛ 2ـ ضرورت استمرار اجرای احکام الهی؛ 3ـ ماهیت و کیفیت قوانین اسلام که بدون حکومت قابل اجرا نیست. او همچنین به نفی تفکر جدایی دین از سیاست می‌پردازد و قائل است که: این موضوع را استعمارگران گفته و شایع کرده‌اند. این را بی‌دینها می‌گویند و مطرح می‌سازد که مگر زمان پیغمبر اکرم(ص) سیاست از دیانت جدا بود.... بحث اول؛ دلایل لزوم تشکیل حکومت: در این بحث به دلایلی چون لزوم مؤسسات اجرایی برای اداره جامعه، سنت و روش رسول اکرم(ص)، ضرورت استمرار اجرای احکام، روش امیرالمؤمنین علی‌بن ابیطالب(ع) و ماهیت و کیفیت قوانین اسلام می‌پردازد. بحث دوم؛ طرز حکومت اسلامی: در این بحث موضوعاتی چون تفاوت حکومت اسلامی با سایر حکومتها نظیر حکومت استبدادی مطلقه و ...،ماهیت حکومت اسلامی، تبعیت از قانون، شرایط زمامدار(علم به قانون و عدالت)، ولایت فقیه، اختیارات حاکم، تفاوت ولایت فقیه با ولایت تکوینی، ابراز بودن حکومت و هدفهای متعالی حکومت و برخی از خصلتهای حاکمان مورد توجه قرار می‌گیرد. او در مورد ماهیت حکومت اسلامی می‌فرماید: حکومت اسلام حکومت قانون است. در این طرز حکومت، حاکمیت منحصر به خداست و قانون فرمان و حکم خداست ... حکومت در اسلام به مفهوم تبعیت از قانون است و فقط قانون بر جامعه حکمفرمایی دارد... رأی اشخاص، حتی رأی رسول اکرم(ص) در حکومت و قانون الهی هیچگونه دخالتی ندارد، همه تابع الهی هستند. بحث سوم؛ استناد ولایت فقیه به اخبار: در این مبحث که طولانی‌ترین بحث کتاب است،اراده امام خمینی هشت روایت را به شرح زیر مورد بررسی قرار می‌دهد: 1ـ روایت ارحم خلفایی یا خلفا به نقل از پیامبر(ص)؛ 2ـ روایت حصون الاسلام از حضرت امام جعفر صادق(ع)؛ 3ـ روایت امناء الرسل از پیامبر(ص)؛ 5و4ـ روایت یا شریح به نقل از حضرت علی(ع) و روایت التقوا الحکومه از امام صادق(ع)؛ 6ـ توقیع مبارک امام عصر(عج) معروف به روایت الحوادث الواقعه: 7ـ مقبولة عمربن حنظله از امام صادق(ع) 8ـ روایت ابی خدیجه از امام صادق(ع)؛ 10و9ـ صحیحة قداح و روایت ابوالبختری از پیامبر اکرم(ص) 11ـ روایت منزله الفقیه از فقه رضوی 12ـ روایت علما امتی از پیامبر(ص)؛ 13ـ روایت العلماء حکام علی الناس؛ 14ـ روایت تحف العقول مجاری الامور و الاحکام از حضرت سیدالشهدا(ع) 15ـ بحث آخر؛ برنامه تشکیل حکومت: به برنامه و روشهای مبارزه برای تشکیل حکومت اسلامی پرداخته است و در آن به مواردی چون وظیفه علمای دین و فقها برای تشکیل حکومت، استفاده از اجتماعات، عرضه صحیح اسلام، ایجاد عاشورای]دیگر[، مقاومت و مبارزه طولانی، اصلاح حوزه‌های روحانیت، از بین بردن آثار فکری و اخلاقی استعمار، اصلاح مقدس‌نماها، تصفیه حوزه‌ها، طرد آخوندهای درباری و برانداختن حکومتهای جائر اشاره می‌کند و در پایان می‌فرماید: مسلمانان هنگامی می‌توانند در امنیت و آسایش به سر برده، ایمان و اخلاق فاضله خود را حفظ کنند که در پناه حکومت عدل و قانون قرار گیرند ... اکنون وظیفه ماست که طرح حکومتی اسلام را به اجرا درآوریم و پیاده کنیم.