کتاب ارتداد و آزادی پژوهش حاضر در زمینه ی توهین به مقدسات و رابطه ی آن با حقوق بشر و آزادی بیان، در چهار فصل نگاشته شده است. *در فصل اول، تعاریف و مفاهیم مربوط به ارتداد ارائه شده است. در مبحث اول از این فصل، معنای لغوی و اصطلاحی ارتداد و توهین به مقدسات و رابطه آن دو با یکدیگر مورد بررسی قرار گرفته و در مبحث دوم ضروری دین را تبیین نموده و مصادیق آن شمرده شده است. *در فصل دوم با عنوان «ارتداد فکری و نظری» یکی از اساسی ترین پرسش ها در زمینه ارتداد مورد بررسی قرار گرفته است؛ یعنی بررسی این مسأله که آیا صرف شک در ضروری دین، موجب تحقق ارتداد است؟ و نیز انکار ضروری دین، در صورتی که مبتنی بر یک پایه فکری و استدلال باشد مانند آنچه که در آثار برخی از اهل فکر و فلاسفه مشاهده می شود، آیا چنین انکاری موجب تحقق ارتداد است یا خیر؟ *فصل سوم به «اجرای مجازات ارتداد و توهین به مقدسات» اختصاص یافته است. یعنی آیا اجرای مجازات ارتداد و نیز توهین به مقدسات از دیدگاه اسلام، از وظایف انحصاری دولت اسلامی است یا اشخاص حقیقی دیگر نیز مجاز به اجرای این مجازات هستند؟ این موضوع را در دو مبحث جداگانه مورد بررسی قرار داده و در مجموع به این نتیجه دست خواهیم یافت که اجرای مجازات ارتداد و توهین به مقدسات در زمان تشکیل حکومت اسلامی، از وظایف انحصاری حاکم اسلامی است. *در فصل چهارم به «فلسفه ارتداد و توهین به مقدسات» پرداخته می شود. در این فصل، ضمن بحث درباره فلسفه ارتداد و توهین به مقدسات، این مسأله مورد بررسی قرار گرفته است که اگرچه ارتداد با صرف انکار محقق می شود، ولی بررسی مصادیق آن در سیره معصومین(ع) این فرضیه را تقویت می کند که در عمل، فقط ارتدادی که از طریق اهانت به مقدسات محقق شود مورد حساسیت بوده است و یا مواردی که مجرمین با انکار ضروری دین در یک برنامه از پیش طراحی شده، قصد تبلیغ بر ضد دین را داشتند. به عبارت دیگر با توجه به تعریف و قلمرو ارتداد و شرایط و قیود مربوط به آن، می توان دریافت که در واقع ارتداد در معنای حقیقی خود ابراز انکار دین و تبلیغ علیه آن از روی عناد و ستیز است و نه بر پایه استدلال و منطق و ناشی از شبهه و اشتباه و جهل.