کتاب سیر در تفکر معاصر 3 این کتاب در یازده فصل به بررسی حیات فکری و روشنفکری جدید و ابعاد آن با تاکید بر زندگی، آثار و آراء میرزا فتحعلی آخوندزاده می پردازد. برخی از عناوین کتاب عبارتند از: مبانی پروتستانتیسم اسلامی، آغاز اصلاح دین از طریق پروتستانتیسم اسلامی، دین طبیعی، سیر تکوینی فقه ونقد آن، پروتستانتیسم دراحکام شریعت. نویسنده در سیر تفکر معاصر با نقد اندیشه های آخوندزاده و بررسی آثار وبه ویژه نمایشنامه های او و ذکر نظرات متفکران دیگر درباره او سعی دارد روشنفکری وی را به بوته نقد کشیده واین تفکر را که اسلام مانع پیشرفت است وفقط با زدودن دین ، جوامع می‌توانند پله‌های ترقی را طی نمایند ، بزداید‌. آخوندزاده که عده ای او را مظهر اصلی ونمونه کامل روشنفکری معاصر می دانند ، با اعتقاد به برتری ذاتی تمدن اروپا دراثر « مکتوبات کمال الدوله » تمام توجه خود را به رفرم جهان اسلام معطوف می دارد و به نوعی این اثر را به خیال خود برای نابودی اسلام می نویسد. درقسمتی از کتاب می­خوانیم: مبانی ومواد فکری ماتریالیسم وراسیونالیسم آخوندزاده را باید در تفکر فلسفی و علمی قرن 18 ونوزده جست. این دو قرن که به قرون روشنایی و اصالت علم شهرت پیدا کرد به دنبال تحولات فلسفی ودینی قرن 16 و17 تکوین یافت. در این دوران شریعت قدیم به تدریج جای خود را به شریعت جدید داد. در این دوره دیگر دین نمی­توانست شریعت جدید محسوب گردد، بلکه این بار علم بود که آن را می بایست در کلیسای علم وعقل ناسوتی جدید پرستید. عصر روشنایی داعیه جایگزینی کلیسای علم را به جای کلیسای دین داشت.