کتاب شذرات المعارف بزرگواری که هرچند از او آثار تدوینی معرفتی اندکی بر جای مانده است، اما تاریخ از او اثر تکوینی معنوی غنیمی به غنیمت برده است که به صد دائرة المعارفش نتوان قیاس گرفت!، حضرت امام خمینی- سلام اللّه و رضوانه علیه- یکی از آثار و اثمار شجره مبارکه وجود ذی جود عارف حکیم و فقیه فرزانه ما علامه شاه آبادی است. همانی که حضرت روح الله با عظمت از ایشان یاد می کردند و هنگامی آوردن اسم ایشان می فرمودند: روحی فداه. این کتاب (شذرات المعارف) حاوی مهمترین مبانی فکری مرحوم شاه آبادی در حوزه عرفان، فقه، فلسفه و کلام است که به زبان فارسی تحریر یافته است. به طوری که می توان با قاطعیت آن را نماینده شایسته ای برای تبیین جوانب سیستم فکری و معرفتی استاد دانست. متاسفانه در این مختصر، امکان شرح و بسط این سخن در میان نیست. نکته شایان یادآوری این است که شذرات معارف گرچه با زبان فارسی نوشته شده است، لحن و بیان آن به گونه ای است که فهم آن نه تنها برای فارسی زبانان کنونی، بلکه برای بسیاری از اهل فن نیز خالی از دشواری نیست. «شذره» نویسی در تاریخ تمدن اسلامی امری عام و فراگیر بوده است و بسیاری از علما و اندیشمندان مختلف در حوزههای تخصصی یا مورد علاقه خود، آثار و تصنیفاتی را فراهم می کردند و آن را تحت عنوان «شذره» یا سایر مشتقات این کلمه در اختیار خوانندگان قرار می دادند. شذر در زبان عربی به معنای پاره ها یا تکه های طلا است که از معدن به دست می آید. یکی دیگر از معانی این کلمه، مهره هایی است که در میان رشته مروارید با فاصله مشخصی قرار داده می شود. این واژه، به معنای مروارید کوچک هم به کار رفته است. شذره واحد این کلمه و شذرات و شذور جمع آن است. بنابراین احتمال می رود شذره ها، به نوعی یا حاوی خلاصه آثار و نوشته های مربوط به رشته های مختلف علمی بوده، یا حاوی مهمترین و نابترین اصول و مسائل آن. ازاینرو می توان این نوع کتابها را از زمره مهمترین آثار علمی رشته های مختلف به حساب آورد. ازاینرو کاملا طبیعی است که این کتاب را حاوی خلاصه افکار و اندیشه های عرفانی و حکمی حکیم عارف آیت الله العظمی میرزا محمد علی شاه آبادی (قدس سره) بنامیم. علاوه، به نظر می رسد معارف و اندیشه های مندرج در این کتاب، خلاصه و دستاورد رهیافتهای عرفانی ایشان است و در ضمن نشان می دهد که عرفان و معارف روحی- اخلاقی در عصر ایشان در چه سطح و سیاقی بوده است. نامگذاری این کتاب به «شذرات المعارف» برای اشاره به این حقیقت است که هریک از احکام و معارف اسلامی، به سان گوهری تابناک، راه جویندگان سعادت و طالبان نیکبختی را روشن می کند.