کتاب طوفان فتنه و کشتی بصیرت بررسی فتنه و امتحان الهی از منظر قرآن کریم و احادیث با توضیح موضوعاتی چون: مفهوم‌شناسی فتنه، گستره فتنه در زندگی انسان، اهداف، حقیقت و چگونگی امتحان الهی، حوزه‌های آزمایش در قرآن، آزمودن انسان‌ها با امور تکوینی و تشریحی و ذکر مصادیقی از امتحانات الاهی، فصل اول این کتاب را شامل می‌شود. فصل دوم کتاب، عوامل، انگیزه‌ها و اهداف فتنه را مورد بحث و بررسی قرار می‌دهد. عوامل پدیدآورنده فتنه، مکلف بودن آدمی دربرابر فتنه‌ها، نقش مال، مقام و شهوت در پدیدآمدن فتنه‌ها، راز فتنه‌های الهی و راز فتنه‌گری انسان و شیطان، هدف خداوند از فتنه، هدف انسان‌ها و شیطان از فتنه‌گری، و فتنه‌پذیری و فتنه‌گریزی، از مباحثی است که در این فصل آمده است. هم‌چنین، این کتاب در فصل سوم به روشن کردن ماهیت فتنه‌گران و چگونگی شکل‌گیری فتنه‌های اجتماعی می‌پردازد که موضوعاتی چون: روش بحث دربارة فتنه‌های اجتماعی، انواع طراحی و برنامه‌ریزی، مؤلفه‌های فتنه، ساده‌ترین راه شناخت فتنه‌گران، ویژگی‌های روانی سران فتنه را در خود جای داده است. راهبردها و رویکردهای فتنه‌گران نیز در فصل چهارم این کتاب بیان شده است. اشاره به دو راهبرد مهم فتنه‌گران و راه‌های پیشبرد فتنه، تبیین پیچیدگی روش‌ها در فتنه‌های معنوی، تحلیل اجمالی از جنگ نرم و تبیین راهبردهای فتنه‌گران، ذکر گروه‌های هدف در تهاجم فرهنگی و بیان دستاویزهای فتنه‌گران، از مهم‌ترین موضوعات این فصل است. فصل پنجم و پایانی این کتاب نیز به بررسی و توضیح وظایف مؤمنان در برابر فتنه‌های اجتماعی می‌پردازد. از مباحث مطروح شده در این فصل می‌توان به: هدایت‌ناپذیری فتنه‌گران، دو عامل مهم فتنه‌پذیری، اهمیت و نقش بصیرت به عنوان یک سفارش قرآنی در پیشگیری از فتنه و نجات فتنه‌زدگان، وظایف حوزویان، نخبگان و عموم مردم در برابر فتنه‌ها و لزوم آگاهی‌بخشی و افشاگری، اشاره کرد.