کتاب رحیق مختوم : شرح حکمت متعالیه - بخش سوم از جلد سوم جلد 13 کتاب رحیق مختوم از فصل‌های «حرکت در مقولات پنج‌گانه»، «توضیح تحقیق مذکور در حرکت کمی»، «برهان دیگر بر وقوع حرکت جوهری»، «رد دلایل شیخ و غیر او بر انکار حرکت جوهری»، «تأکید بر تجدد جواهر طبیعی اجرام آسمانی وزمینی» و «حرکت وضعی مستدیر؛ اقدم، ادوم، اتم و اشرف حرکات عرضی» گردآوری شده است. فصل 24 به عنوان‌هایی همچون «بررسی دیدگاه پیشینیان درباره حرکت در مقوله وضع، بررسی نظر حکما نسبت به ارجاع حرکت وضعی به حرکت مکانی، تمثیل صدرالمتألهین به نقطه و خط برای تبیین حرکت اشتدادی، چگونگی اتحاد هویت واحد سیاهی با تعینات آن، چگونگی تشبیه حرکت اشتدادی کیفیات و جواهر، رفع اشکالات واثبات امکان عام حرکت جوهری، تأکید صدرالمتألهین بر همگانی حرکت‌های اشتدادی، کمی و جوهری، تحلیل علامه طباطبایی درباره بی‌نیازی حرکت جوهری از موضوع ثابت، ثبات هیولی اولی وصورت جسمیه در حرکت جوهری بر مبنای حکمت مشاء، تفاوت مسئله حرکت کمی در انسان، حیوان و نبات، محذور فعلیت افراد کمیت در حرکت کمی گیاه، تفاوت برهان فصل و وصل و برهان قوه وفعل و مشکل انضمام دو شیء مقداری به یکدیگر» پرداخته است. نویسنده در این کتاب نظر حکما را نسبت به ارجاع حرکت وضعی به حرکت مکانی، مورد بررسی قرار داده و نوشته است: «حکمای اشراق بر خلاف حکمای مشاء مکان را بعد مجردی می‌دانند که اجسام در آن قرار می‌گیرند، بر این اساس مکان را برای محدد الجهات نیز می‌توان تصور کرد. افلاکی که سطح محدب آنها محاط به سطح مقعر فلک محیط است و دارای مکان نیز هستند؛ یا به گونه‌ای هستند که کلیت آنها با کلیت مکانشان تغییر پیدا می‌کند.» در اشارات فصل 24 مباحث «نفی موضوع ثابت در حرکت کمی بر اساس حرکت جوهری، اثبات اشتدادی‌بودن حرکت به صورت مطلق، استفاده از استحاله حرکت تضعفی برای ابطال تناسخ، مقدمات مربوط به نقد برهان جدلی صدرا، مردد یا مبهم نبودن کلی طبیعی، تساوق وحدت حقیقی و ارتباط متقابل، بی‌نیازی حرکت از موضوع در تعلیقه علامه طباطبایی، چگونگی صدق حرکت توسطی و قطعی و شیوه صدر المتأتلهین برای دفاع از حرکت جوهری با استفاده از مبانی مشایی» مورد بررسی قرار گرفته است. این فصل، به بحث از مقولاتی می‌پردازد که حرکت در آنها واقع می‌شود، مطالب این فصل از مقاله دوم فن اول سماع طبیعی کتاب طبیعیات شفا است. در فصل 25 موضوعاتی نظیر «مرکب حقیقی، اعتباری و صناعی، تعین ماده به صورت در گیاه و حیوان، حفظ وحدت تشکیکی مسافت به کمک وحدت موضوع، اصول حکمت متعالیه برای حفظ ثبات و وحدت حرکت، دلیل خستگی و رعشه، تسخیر باواسطه و بی‌واسطه نفس نسبت به قوای طبیعی، تقسیم دوگانه قوا و خوادم طبیعی نفس، قوای جهت حیوانی و جهت عقلانی نفس و طبایع مسخر نفس و مسئله معاد» آمده است. در بخش حفظ وحدت تشکیکی مسافت به کمک وحدت موضوع، نگارنده نگاشته است: «این وحدت با دو امر حفظ می‌شود: امر اول، شیئی است که دارای واحد عددی است؛ مثل معروض سیاهی. امر دوم، شیئی است که دارای وحدت ابهامی است و آن مطلق سیاهی است که غیر از سیاهی متعین و مقید است و با همه آنها موجود است. «نقد استفاده از مباحث ادبی برای اثبات نیاز به متحرک، تلاش و امید ابن‌سینا برای حل مشکل حرکت کمی، تأثیر دو مبنای حکمت مشاء و حکمت متعالیه در تقریر بعد رابع، مبادی فلسفی منطق و ارجاع کلیات خمس به فصل اخیر، افراط و تفریط درباره رابطه نفس و بدن، چگونگی ترکیب نفس و بدن، شواهد منطقی ماهیت‌نبودن فصل، نسبت حرکت و زمان با طبایع جوهری، اثبات نیاز حرکت به موضوع از طریق قوه، تنافی بین فاعل به تسخیر و قول به جبر و اقوال مختلف درباره رابطه نفس حیوانی با قوای آن» از سرفصل‌های فصل 25 این کتاب است. فصل 26 مطالبی را در رابطه با موضوعاتی همچون: «علت معدبودن صورت نوعیه برای آثار مادی خود، معنای شریک علت‌بودن صورت نوعیه، تفاوت عوارض موجودات مادی و مجرد، فصل حقیقی اشتقاقی و فصل منطقی، نسبت فصل حقیقی و فصل منطقی، ماهیاتکلی به عنوان مصادیق مفهوم منطقی عمل، برهان مشرقی بر حرکت جوهری، نفی دوگانگی و مباینت عزلی ثابت و متغیر و بقای ثوابت به بقای الهی» نگاشته است. نویسنده مبنای حکمت متعالیه را در رابطه با بقای ثوابت به بقای الهی را در این کتاب آورده و نوشته است: «بر مبنای حکمت متعالیه حقایق مجرد، صور علمیه حق سبحانه و تعالی هستند، به همین دلیل باقی به بقای الهی‌اند. اگر آنها به ابقای الهی باشند، صور علمی دیگری باید برای آنها تصویر شود که آن صور باقی به بقاء الهی باشند. در هر صورت بقای موجودات باید به امری که به بقای الهی باقی است، ختم شود، در غیر این صورت تسلسل لازم می‌آید، پس وجود اموری که باقی به بقاء الهی هستند، نه تنها ممکن است بلکه ضروری است.» در فصل 26 عنوان‌هایی همچون «براهین سه‌گانه بر حرکت جوهری، تأثیر حرکت جوهری در حل مشکل ربط حادث به قدیم و ربط متغیر به ثابت، حمل عرض بر جوهر با حفظ مراتب وجودی جواهر و اعراض، محسوس‌نبودن مقوله جوهر و عدم‌امکان انکار آن، تمثیل برای تأمین وحدت حرکت از راه علت فاعلی، تأثیر تحول ماهیات به مفاهیم در حدود وسطای برای حرکت جوهری و اثبات حرکت جوهری از طریق استحاله انفکاک ماده از صورت» به چشم می‌خورد. نویسنده در فصل 27 مباحثی مانند: «استدلال بر اشتدادناپذیر‌بودن صور، محذورنداشتن موضوع در حرکت، نفی سببیت عدم صورت برای زوال موضوع، بیان ابن سینا درباره بقا، ماده با تبدل صور خاص، تأثیر اصالت وجود در پاسخ حلی، نفی حرکت جوهری بر اساس تعریف حرکت به انتقال اضداد و تضفیف استدلال با نظر به معانی مختلف تضاد» را مورد کنکاش قرار داده است. در اشارات فصل 27 مطالبی را در رابطه با موضوعات: «خلاصه استدلال اول برای نفی حرکت جوهری، منوط نبودن استدلال اول به اشتدادی بودن حرکت، تصویر موضوع واحد در حرکت جوهری بر مبانی حکمت اشراق، حرکت جوهری و محذور جمع متقابلینتفاوت مفهوم با ماهیت و ارجاع ماهیات به مفاهیم بر اساس مبنای حکمت متعالیه» می‌خوانیم. عنوان‌های «ادعای اجماع حکما بر حصر سیلان در زمان ومکان، تفاوت احکام ماهیت و وجود، چگونگی صدق مفاهیم و ماهیات بر وجود سیال، تفاوت سیلان و تجدد با امر سیال و متجدد، شواهد قرآن بر حرکت جوهری، عامل واحد حفظ وتوفی حقایق سیال، خلق جدید و تبدل جوهری انسان، اعم‌بودن تجدد امثال عرفانی از حرکت جوهری فلسفی وکمال‌بودن حرکت وکامل‌نبودن آن» در فصل بیست و هشتم و اشارات آن دیده می‌شود. در بحث «چگونگی صدق مفاهیم و ماهیات بر وجود سیال» راجع به ملاقات الهی انسان، مؤلف نگاشته است: «انسان از مرتبه‌ای که شیء قابل ذکری نیست، تا مرتبه ملاقات الهی را طی می‌کند: هل أتی علی الانسان حین من الدهر لم‌یکن شیئا مذکورا. آیا هنگامی را بر انسان به یاد می‌آوردی که در آن شیء قابل ذکری نبود. این مرتبه، مربوط به زمانی است که با حدوث جسمانی خود، به مرتبه بقای روحانی نرسیده است؛ و آیه سوره انشقاق از مقامی سخن می‌گوید که آدمی به لقاء الهی بار می‌یابد.» فصل بیست و نهم و اشارات آن موضوعاتی نظیر «ادبیات عمومی و ادبیات فلسفی، تحولات فرهنگ عمومی و تفسیرهای نظریات علمی، تأثیر حرکت جوهری در مسئله زمان و عمر اشیا، مقید بودن مطالب فصل به حرکت‌های عرضی، تقدم حرکت أینی بر حرکت کمی و کیفی، آمیختگی حرکت أینی با سکون، معنای اتم‌بودن حرکت استرادی، اشرف‌بودن حرکت استداری وضعی و امکان وقوع خط و حرکت مستقیم در زمین» را در خود جای داده است.